云平台LEfSe在线分析教程

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　　fectSize）分析，可以用于两个或多个分组之间的比较，从而找到组间有显著性差异的物种（即biomarker），分析步骤主要分为三步：St

　　ep1：利用Kruskal-Wallis秩和检验检测所有的特征物种，通过检测不同组间的物种丰度差异，获得显著性差异物种。St

　　：再利用Wilcoxon秩和检验检测上步获得的显著性差异物种的所有亚种是否都趋同于同一分类级别。St

　　ep3：最后用线性判别分析（LDA），得到最终的差异物种（即biomarker）。LEfSe在线分析网址：http

　　TU在不同分类水平的物种丰度结果，将数据格式转化为下图所示的网站标准输入格式，即可进行后续的分析。

　　log10的值，如果平均丰度小于10按照10来计算 ；第三列：差异物种富集的组名

　　不同圆圈表示不同分类层级，从内至外，依次为门-纲-目-科-属。每个节点表示一种物种，黄色表示该物种在三组中无显著性差异，其他颜色，以groupA中的红色为例，如果节点颜色为红色则表示该物种在比较组中有显著性差异，且该物种在groupA中的丰度更高，其他颜色以此类推。具体差异的门和纲直接在左侧图中标出，其他差异以字母表示，具体代表的物种在右侧标出。步骤

　　Plot OneFeature（画其中一个物种在不同组样品中的柱状图）：

　　：图中不同分组用黑实线隔开，每组柱状图中的实线表示该组样品表达量的平均值，虚线代表该组样品表达量的中位值。步

　　的区别在于，E每次只能做一张图，F可以绘制biomarker（或所有的物种）柱状图。一般建议跳过步骤E，直接做步骤F，步骤F的结果一般以压缩包的形式，下载到本地解压后买球入口中国官网即可查看每个biomarker在不同样品中的表达柱状图。6.结果下载

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